Saccharomyces cerevisiae Maya Türünde NRG1 Transkripsiyon Faktörünün NTH1 Promotoruna in silico Bağlanma Modeli


Creative Commons License

Doğan G., Turgut Genç T.

3. Uluslararası İlaç ve Eczacılık Kongresi, İstanbul, Türkiye, 26 - 29 Nisan 2017, cilt.1, no.1, ss.1

  • Cilt numarası: 1
  • Basıldığı Şehir: İstanbul
  • Basıldığı Ülke: Türkiye
  • Sayfa Sayıları: ss.1

Özet

Trehaloz doğal olarak mantar, alg ve böceklerde ve ayrıca üretilen gıda ürünlerinde, ilaçlarda, kozmetik ürünlerinde bulunur. Trehalozun sindirim sistemi tarafından emilmesi için, glikoza parçalanması gerekir. İnsanda trehaloz, TREH geni tarafından kodlanan trehalaz enzimi ile parçalanmaktadır. Trehalaz eksikliği hastalığına sahip olan bireyler, trehalozu parçalayamaz ve sindiremezler [1]. Saccharomyces cerevisiae metabolik yolakların araştırılmasında ökaryotik model organizma olarak kullanılmaktadır [2]. S. cerevisiae maya hücreleri stres koşulları altında trehaloz biriktirmektedir. Stres kökenli biriktirilen trehaloz NTH1 geni tarafından kodlanan Nötral Trehalaz enzimi tarafından parçalanmaktadır [3]. NTH1 geni 2256 bç uzunluğunda kodlama bölgesine sahip olup intron içermemektedir. NTH1 promotor bölgesinde bulunan Stress Response Elementleri (STRE; 5’-CCCT-3’) transkripsiyonun aktivasyonu için gereklidir [4]. NRG1 geni tarafından kodlanan Nrg1 transkripsiyon faktörü yaklaşık 80 genin PDS (T(T/A)AG3AT) ve STRE elementlerine bağlanarak transkripsiyonu kontrol etmektedir [5]. Çalışmamızda Nrg1 proteininin NTH1 promotoruna bağlanmasının in silico modellemesi yapıldı.

 

Yapılan çalışmada SGD (Saccharomyces cerevisiae Genome Database) veri tabanından alınan NTH1 geninin 1000 bç uzunluğundaki promotor bölgesi kullanıldı. JASPAR CORE veri tabanı kullanılarak Nrg1 transkripsiyon faktörünün NTH1 promotorunda olası bağlandığı bölgeler belirlendi. SGD veri tabanından alınan Nrg1p amino asit dizisinin tamamı ve bu proteinin çinko-parmak DNA bağlanma bölgesine denk gelen amino asit dizisi I- TASSER programı kullanılarak tahmini 3D yapısını modellendi. NTH1 promotorunda Nrg1p bağlanma elementleri 3D-DART webserver gönderilerek Pdb dosyası haline dönüştürüldü. I-TASSER programından gelen dosyalar ile 3D-DART webserver programından gelen dosyalar NPDock - Genesilico.pl sitesine gönderilerek olası bağlanma modelleri elde edildi. VMD (Visual Molecular Dynamics) programı kullanılarak modeller görselleştirildi.

 

Veri tabanları ve bilgisayar programları kullanılarak bilgisayar ortamında yapılan in silico DNA-TF bağlanma modellemesinde, Nrg1 proteinin NTH1 promotoruna bağlanma olasılığının yüksek olduğu tespit edildi.  3D- modeli destekleyici olarak Δnrg1 mutantlarında NTH1 transkripsiyonun regülasyonu ile ilgili in vivo çalışmalarımız devam etmektedir.