AHUDUDU MEYVESİNDEN İZOLE EDİLEN NON-SACCHAROMYCES MAYA TÜRLERİNİN PCR-RFLP-REAP ANALİZİ VE HÜCRE DIŞI ENZİM AKTİVİTELERİNİN BELİRLENMESİ


Creative Commons License

TURGUT GENÇ T. , Günay M., Servili B.

II. Ulusal Mikoloji Günleri, İstanbul, Türkiye, 9 - 11 Eylül 2015, cilt.1, no.1, ss.1

  • Cilt numarası: 1
  • Basıldığı Şehir: İstanbul
  • Basıldığı Ülke: Türkiye
  • Sayfa Sayıları: ss.1

Özet

Rubus idaeus L. (ahududu), Rosaceae (gülgiller) familyasının, Rosoideae alt familyasından Rubus cinsine ait bir bitkidir. Şeker içeriği fruktoz olan ahududu, değişik asitler ve antosiyanin pigmenleri gibi flavonoidleri içerdiğinden şarap üretiminde, ayrıca soğuk algınlığı ve ateşli hastalıklarda, eczacılıkta şuruplara tat ve koku vermek amacıyla kullanılmaktadır. Şeker içeriği yüksek olması nedeniyle maya florası için uygun bir habitat oluşturmaktadır. Bu amaçla çalışmamızda ahududu meyvelerinden izole edilen non-Saccharomyces maya türlerinin restriksiyon profillerinin belirlenmesi ve restriksiyon enzim analiz programı (REAP) ile de bu türler arasındaki filogenetik ilişkilerin belirlenmesi planlandı. Ayrıca çalışmamız kapsamında polimorfizim gösteren mayalardan seçilen türlerin hücre dışı enzim aktiviteleri belirlendi. Çalışmamızda kullanılan ahududu meyveleri Çanakkale’nin Gelibolu ilçesinden toplandı. Laboratuvara getirilen örnekler YGCA petrilerine ekimleri yapıldı. Homojenizasyon işlemi ardından izole edilen mayaların genomik DNA izolasyonları yapıldı ve ITS1-5.8S rDNA-ITS2 bölgeleri PCR yöntemiyle çoğaltıldı. PCR ürünleri 5 farklı restriksiyon enzimi kullanılarak kesimleri yapıldı. Restriksiyon kesimi sonucunda elde edilen bant büyüklüklerine göre izole edilen maya türlerinin haplotipleri belirlendi. Haplotipler ve enzim profilleri kullanılarak REAP programı yardımıyla nexus dosyaları oluşturuldu. Nexus dosyaları PAUP4.0 (beta version) kullanılarak türler arasındaki filogenetik uzaklıklar belirlendi. Polimorfizm gösteren maya örneklerinin hücre dışı enzim aktiviteleri API-ZYM test sistemiyle belirlendi. Çalışmamız sonucunda ahududu meyvesinden ise 27 maya suşu izole edildi. İzole edilen maya suşlarına ait ITS1- 5,8S rDNA -ITS2 bölgesinin PCR amplifikasyonu sonrasında bant büyüklüklerine göre 3 farklı grup oluşumu gözlendi. RFLP analizleri sonrasında ise polimorfizm gösteren 7 farklı grup elde edildi. PCR amplikonlarının sekans analizleri sonucunda maya suşları Metschnikowia pulcherrima, Aureobasidium pullulans, Candida sp., Hanseniaspora uvarum ve Metschnikowia chrysoperlae türü olarak tanımlandı. REAP analizleri ve PAUP4.0 programları kullanılarak ahududu için filogenetik ağaç oluşturuldu. Tanımlanan türlerin API-ZYM test sistemiyle yapılan hücre dışı enzim analizleri sonucunda izole edilen maya suşlarında lösin arilamidaz ve β- glukozidaz enzim aktiviteleri tespit edildi.