Yaprakbiti ile Taşınmanın Turunçgil Tristeza Virüsü (CTV)'nün Genetik Çeşitliliğine ve Popülasyon Yapısına Etkisinin Kılıf Protein Geni Dizilimine Göre Belirlenmesi


KORKMAZ S. , Çevik B., Akdura N., Bakır T., Satar S., Koç N. K. , ...Daha Fazla

Türkiye V. Bitki Koruma Kongresi, Antalya, Türkiye, 05 Şubat 2014, cilt.1, no.1, ss.264

  • Cilt numarası: 1
  • Basıldığı Şehir: Antalya
  • Basıldığı Ülke: Türkiye
  • Sayfa Sayıları: ss.264

Özet

Bu çalışmada ülkemizin farklı turunçgil üretim bölgelerinden temin edilen orijinal Turunçgil tristeza virüsü (Citrus tristeza virus; CTV) izolatlarının ve bunların Aphis gossypii ile taşınmalarından elde edilen alt izolatların moleküler karakterizasyonları yapılarak yaprak biti ile taşınmanın, CTV izolatlarının genetik varyasyonuna ve popülasyon yapısına etkisi araştırılmıştır. Bu amaçla orijinal ve afidle taşınan alt izolatların kılıf protein geni çoğaltılarak klonlanmış ve her bir izolat ve alt izolat için 5 farklı klonun DNA dizilimi belirlenmiştir. Orijinal CTV izolatlarının dizi karşılaştırmaları sonucunda izolatların CP genlerindeki nükleotid ve amino asit benzerlik oranlarının sırasıyla %82-100 ve %70-100 arasında değiştiği ve ülkemiz izolatları arasında Edremit Körfezi izolatlarının en heterojen grubu oluşturduğu bulunmuştur. Yaprak biti ile taşınmadan elde edilen alt izolatların CP gen dizi karşılaştırmaları sonucunda ise elde edilen varyantların CP genlerinin benzerlik oranlarının nükleotid ve amino asit düzeyinde %84-100 ve %72-100 arasında olduğu saptanmıştır. Yapılan evrimsel genetik analizlerde orijinal izolatların CP genlerindeki ortalama evrimsel değişkenlik, nükleotid ve amino asit düzeyinde sırasıyla 0.032 ve 0.030 olarak hesaplanmıştır. Diğer yandan, aynı değerin yaprak biti ile taşınan alt izolatların nükleotid ve amino asit dizilimlerinde ise sırasıyla 0.037 ve 0.031 olduğu belirlenmiştir. Ayrıca, orijinal ve yaprak biti ile taşınan alt izolatlar arasındaki evrimsel farklılaşma katsayısı 0.27 olarak hesaplanmıştır. Bu sonuçlar yaprak biti ile taşınmanın virüs CP geninde değişkenliği artırdığını ve popülasyon yapısını değiştirdiğini göstermiştir. Diğer yandan, yaprak biti ile taşınan ve taşınmayan izolatların CP genlerinin amino asit dizilimlerinde bazı faklılıklar görülmüş olup bu farklılıkların yaprak biti ile taşınmadaki olası potansiyel önemleri tartışılmıştır.

In this study, molecular characterization of the original Citrus tristeza virus (CTV) isolates from various citrus production areas and the sub-isolates obtained from transmission with Aphis gossypii were conducted to determine the effect of aphid transmission to the genetic diversity and population structure of CTV isolates. The coat protein (CP) gene of original isolates and aphid transmitted sub-isolates were amplified, cloned and five different clones for each isolate and sub-isolate were sequenced. Sequence comparison of original CTV isolates showed that the sequence identity in the CP gene was 82-100% and 70-100% at their nucleotide and amino acid sequence, respectively, and that the most heterogenic group was isolates of the Edremit Gulf. Comparison of the CP gene sequences of the aphid-transmitted sub-isolates revealed 84-100% and 72-100% sequence identity among nucleotide and amino acid level, respectively of these isolates. Evolutionary genetic analyses showed that while the average genetic diversity of the original isolates was calculated as 0.032 and 0.030 at the nucleotide and amino acid level, respectively, these values were increased to 0.037 and 0.031 for the nucleotide and amino acid sequences of aphid-transmitted sub-isolates. In addition, the evolutionary differentiation coefficient between original aphid-transmitted isolates was estimated as 0.27. These result altogether demonstrated that the genetic diversity of CTV isolates was increased and their population structure was changed by aphid transmission addition some differences were observed in the amino acid sequences of the aphid transmitted and non-transmitted isolates and the potential significance of these differences were discussed.