Tüm ekzom dizileme (WES) analizi ile elde edilmiş yağ asidi oksidasyon defektleri ile ilişkili genlerin retrospektif olarak güncel verilerle değerlendirilmesi
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Dahili Tıp Bilimleri, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: Volkan Sönmez
Danışman: Fatma Sılan
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:GİRİŞ ve AMAÇ: Uzun süreli açlıkta ve hastalık durumlarında enerji ihtiyacını karşılamak üzere, yağ asitleri adipoz dokudan salınır ve mitokondrial ß-oksidasyona uğrarlar. Yağ asidi oksidasyonu, karaciğer, kalp ve iskelet kası gibi organlarda enerji homeostazı için anahtar bir metabolik yoldur. Yağ asidi oksidasyon defektleri yetersiz enerji üretimine yol açmaktadır. Amacımız yağ asidi oksidasyonunda görev yapan proteinleri kodlayan bazı genlerin WES analizinde retrospektif olarak değerlendirilmesi, kohortumuzda taşıyıcılık sıklığının saptanması ve mutasyon saptanan hastaların genotip-fenotip korelasyonudur. YÖNTEM: Çalışmamızda, Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi Araştırma Hastanesi Tıbbi Genetik polikliniğine, 15.04.2022 tarihine kadar farklı klinik bulguları sebebiyle başvuran ve tüm ekzom dizi analizi (WES) yapılmış hastalardan yağ asidi oksidasyonunda görevli genlerden panel oluşturularak (ACADM, ACADS, ACADVL, CPT1A, CPT2, ECHS1, HADH, HADHA, HADHB, SLC25A20), 485 hastanın retrospektif olarak klinik bulguları incelenmiş ve mutasyon analizi yapılmıştır. WES analizi xGen Exome Research Panel v2 kiti kullanılarak Yeni Nesil Dizi Analizi (NGS) yöntemiyle çalışılmıştır. Çalışma soncunda üretilen VCF dataları Qiagen Clinical Insight Interpret yazılımı ile analiz edilmiştir. BULGULAR: Hastalarımızda patojenik/muhtemel patojenik mutasyon taşıyıcılık sıklığı 2,06% olarak; VUS mutasyon taşıyıcılık sıklığımız ise 8,24% olarak saptanmıştır. Hastalarımızdan 107'sine segregasyon amacıyla; 378'ine çeşitli klinik bulgular sebebiyle WES analizi çalışılmıştır. Segregasyon nedeniyle başvuran 107 hastanın 15'inde (14%); çeşitli klinik tablolar ile tarafımıza başvuran 378 hastamızdan 35'inde (9,2%); tüm kohortumuzda 50/485 (10,3 %) bireyde, yağ asidi oksidasyonunda görevli genlerde heterozigot patojenik, muhtemel patojenik veya VUS mutasyon saptanmıştır. Mutasyon saptanan 50 bireyden 12'sinde yağ asidi oksidasyon defektleri ile ilişkili fenotip saptanmıştır. SONUÇ: Hastalıkların otozomal resesif kalıtılması, heterozigot taşıyıcılarda klinik bulgu saptanmayacağı anlamına gelmemelidir. Örneklemimiz küçük olduğu halde, heterozigot taşıyıcılık saptanan bireylerin %27.9 unda yağ asidi oksidasyon defektleri ile ilişkili fenotip saptanmıştır. Literatürde yağ asidi oksidasyon defektleri için heterozigot bireylerin fenotipi hakkında sistematik bir yayın yoktur, bu tez çalışması öncü niteliktedir. Yağ asidi oksidasyon defektlerinin pekçok sistemi etkileyip, heterozigot durumdayken bile klinik bulgulara katkı sağlayabileceği göz önüne alınmalıdır.