Çanakkale İlinde Pırasa sarı Çizgi Virüsü(Leek yellow stripe virus; LYSV)’nün Biyolojik ve Moleküler Karakterizasyonu

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2012

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: Ezgi KURTULUŞ

Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): SAVAŞ KORKMAZ

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Bu çalışmada Çanakkale il ve ilçelerinden 2009-2010 üretim yılı içinde bir sörvey çalışması yürütülerek Pırasa sarı çizgi virüsü (Leek yellow stripe virus; LYSV)'ne benzer simptom gösteren pırasa bitkilerinden 77 örnek toplanmıştır. Toplanan örnekler LYSV'nin varlığını belirlemek amacı ile DAS-ELISA ve RT-PCR analizleri ile test edilmiştir. DAS-ELISA ve RT-PCR testleri sonucunda 77 örnekten 51 tanesi LYSV ile infekteli bulunmuştur. İnfekteli bulunan örnekler içerisinden elde edildiği ilçeler göz önünde bulundurularak belirli sayıda izolat biyolojik özelliklerini belirlemek amacı ile değişik gösterge bitkilere mekanik inokulasyon yöntemi ile inokule edilmiş, moleküler özelliklerini belirlemek amacı ile kılıf protein genleri klonlanarak nükleik asit dizilimleri belirlenmiştir. Klonlama ve sekans analizi yapılan LYSV izolatlarına özgü kılıf protein genlerinin nükleotid dizilimleri gen bankasında bulunan ve dünyanın farklı üretim bölgelerinden LYSV izolatlarının CP genleriyle karşılaştırılmıştır. Bu karşılaştırmalar sonucunda ülkemiz LYSV izolatlarının CP genlerinin nükleotid düzeyinde % 97-98, dünya izolatları ile % 77-95 oranında bir benzerliğe sahip olduğu bulunmuştur. Yapılan filogenetik analizler sonucunda ise Çanakkale izolatlarının dünyanın farklı bölgelerindeki izolatlarla farklı düzeylerde genetik ilişki gösterdiği saptanmıştır. Ayrıca bu izolatlar Western blot analizi yöntemiyle kılıf proteinleri analiz edilmiştir. Western blot analizi çalışmalarında tüm izolatlara özgü 34 kDa ağırlığında kılıf proteini elde edilmiştir.