Recombinant production and characterization of a novel n-glycosidase (EndoBI-2) from Bifidobacterium longum subsp.infantis 157F
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2022
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: HATİCE DUMAN
Danışman: Sercan Karav
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Gastrointestinal (GI) sistem, sağlığın korunmasına ve hastalıkların ilerlemesine önemli ölçüde katkıda bulunan çeşitli mikroorganizmaları barındırır. GI sisteminde yaşayan mikroorganizmaların hayatta kalması, temel olarak konakçı organizma tarafından sindirilemeyen karmaşık karbonhidratları (oligosakkaritler) kullanma yeteneklerine bağlıdır. İnsan sütü, yeni doğmuş bir bebek için birincil beslenme kaynağıdır ve içeriğinde laktoferrin, immünoglobülinler vb. önemli biyoaktif proteinlerin büyük çoğunluğu, glikozile formda bulunmaktadır. Bu proteinlere bağlı formda bulunan biyoaktif glikanlar bebekler tarafından sindirilemez ve yalnızca belirli bağırsak mikroflorasında yaşayan yararlı mikroorganizmalar, sahip oldukları enzimler sayesinde, glikozile proteinlerden bu yapıları ayırarak bu bileşikleri tek karbon kaynağı olarak kullanmaktadır. Bu sayede bağırsak mikroflorasının sağlıklı bir şekilde oluşumu sağlanmaktadır. Glikosidazlar, glikoproteinlerden N-glikan salınımı için kullanılan enzim türüdür. Ticari olarak temin edilebilen glikosidazlar, bu glikanları proteinlerden doğal hallerinde ayırmada yetersizdir. Bu eksikliğin üstesinden gelmek için, N-glikanların biyolojik rollerini ve bunların büyük ölçekli üretimini daha iyi anlamak için daha etkili deglikozilasyon yaklaşımları gereklidir. Bu çalışma kapsamında, N-glikanların benzersiz özelliklerini anlamak için Bifidobacterium longum subsp. infantis kaynaklı yeni ve özgün endo-ß-N-asetilglukozaminidaz 2 (EndoBI-2) rekombinant olarak üretilmiş ve karakterize edilmiştir. EndoBI-2'nin yapısal özelliklerini ve substrat seçiciliğini araştırmak için karşılaştırmalı modelleme yaklaşımları kullanılmıştır. Ayrıca, EndoBI-2'nin optimum reaksiyon/kinetik parametreleri glikoproteinler kullanılarak araştırılmış ve salınan biyoaktif glikanlar MALDI-(TOF)/TOF-MS aracılığıyla karakterize edilmiştir. Elde edilen veriler ile EndoBI-2'nin kinetik ve yapısal karakterizasyon parametreleri, bu yeni enzimin, glikoprotein kaynaklarından biyoaktif glikanların büyük ölçekli salınımını kolaylaştırabilen önemli bir enzim olduğunu göstermektedir. Bu yeni enzimin ve salınan biyoaktif glikanların gıda endüstrisinde başarılı bir şekilde uygulanması, fonksiyonel gıdaların geliştirilmesini sağlayacaktır.