Bamyayı enfekte eden turnıp mosaıc vırus izolatının tüm genom dizi analizleri
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, BİTKİ KORUMA ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2021
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: GÖZDE DEMİR
Danışman: Savaş Korkmaz
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Ülkemizde yaygın olarak yetiştirilen sebzelerden bir tanesi bamyadır. Bütün tarımsal üretimlerde olduğu gibi bamya üretiminde de bitki hastalıkları önemli bir sorun oluşturmaktadır. Bu hastalıklar arasından virüs hastalıkları kimyasal mücadelesi olmadığı için ayrı bir öneme sahiptir. Bu virüs hastalıklarından en önemlisi şalgam mozaik virüsü (turnip mosaic virus; TuMV)'dür. TuMV genel olarak Brassicaceae familyası üyelerinde enfeksiyon meydana getirmesine rağmen, bamyada da enfeksiyon meydana getirdiği ülkemizde yapılan son çalışmalar ile bildirilmiştir. Ancak ülkemiz bamya üretiminde enfeksiyon oluşturan TuMV izolatlarının tüm genom dizilimlerine yönelik herhangi bir çalışma bulunmamaktadır. Bu amaçla İzmir ve Manisa illerinden toplanan ve TuMV ile enfekteli olduğu daha önceden belirlenen bamya bitkileri içerisinden 3 izolat seçilmiştir. Seçilen 3 izolatın NIb+CP gen bölgeleri kullanılarak tüm genom dizilimi belirlenecek olan izolatın seçimi yapılmıştır. Seçilen örneklerden total nükleik asit izolasyonu yapılarak hedef gen bölgeleri RT-PCR ile çoğaltılmış ve sekansların sahip oldukları gen dizilimleri belirlenmiştir. Gerçekleştirilen çoklu dizi analizleri ve filogenetik analiz sonuçlarına göre içlerinden bir izolat tüm genom analizleri için kullanılmıştır. Tüm genom analizi yapılacak olan izolat belirlendikten sonra 5 farklı primer çifti ile bamya TuMV izolatının tüm genomu çoğaltılmış ve sekanslanarak sahip olduğu gen dizilimleri belirlenmiştir. Gerçekleştirilen analizler sonucunda bamya TuMV izolatlarının NIb+CP gen bölgelerine göre birbirleri ile yüksek oranda sekans homolojisi gösterdiği ve hepsinin basal-B grubunda olduğu belirlenmiştir. Tüm genom analizleri için seçilen izolatın gen dizilimlerinin dünya TuMV izolatları ile karşılaştırılması sonucunda bamya TuMV izolatının nükleotit düzeyinde %77-93, amino asit düzeyinde ise %89-97 oranında benzerliklere sahip olduğu bulunmuştur. Gerçekleştirilen filogenetik analizler sonucunda ise bamya TuMV izolatının basal-B filogenetik grubunda yer aldığı görülmüştür. Gerçekleştirilen bu çalışma ile dünyada ilk kez bamya bitkisinden elde edilen bir TuMV izolatının tüm genom analizleri gerçekleştirilmiştir.