Çanakkale örnekleminde tüm ekzom dizileme (Wes) ile elde edilen verilerden konjenital monosakkarit ve disakkarit metabolizma bozuklukları ile ilişkili genetik varyantların güncel verilerle değerlendirilmesi ve taşıyıcılık oranlarının belirlenmesi
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Dahili Tıp Bilimleri, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: MEHMET BERKAY AKCAN
Danışman: Fatma Sılan
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:GİRİŞ VE AMAÇ: Advers gıda reaksiyonları günlük hayatta önemli bir yer kaplar ancak yetersiz olarak tanınır ve yönetilir. Konjenital monosakkarit-disakkarit metabolizma bozuklukları, karbonhidrat malabsorbiyonun alt gruplarından birisini oluşturmakta ve karın ağrısı, diare, kanama bozukluğu, ölüm gibi geniş yelpazede değişen sonuçlara sebep olmaktadır. Çalışmamızda, daha önceden tüm ekzom dizi analizi (WES) uygulanmış hastalarda, konjenital monosakkarit-disakkarit metabolizma kusurlarında rol alan bazı genlerin retrospektif olarak değerlendirilmesi, kohortumuzda taşıyıcılık frekanslarının hesaplanması ve varyant saptanan hastalarda genotip-fenotip korelasyonu kurulması amaçlanmıştır. YÖNTEM: Çalışmamızda, 15.04.2022 tarihine kadar Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi Sağlık Uygulama ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Genetik polikliniğine başvuran ve çalışmaya katılmaya onam veren 484 hastanın dataları retrospektif olarak; konjenital monosakkarit-disakkarit metabolizma bozukluklukları grubunda yer alan genlerden bir panel oluşturularak (ALDOB, FBP1, GALE, GALK1, GALM, GALT, LCT, SLC2A2, SLC5A1, SI) analiz edilmiştir. Çalışmamıza dahil edilen hastaların 107'sine segregasyon amacıyla, 377'sine çeşitli klinik bulgular sebebi ile WES analizi çalışılmıştır. WES analizi xGen Exome Research Panel v2 kiti kullanılarak Yeni Nesil Dizi Analizi (NGS) yöntemiyle çalışılmıştır. Çalışma sonucunda üretilen VCF dataları, QIAGEN Clinical Insight Interpret veritabanı ile analiz edilmiş olup hastalarda saptanan patojenik, muhtemel patojenik ve klinik önemi belirsiz (VUS) varyantlar çalışmamız kapsamına alınmıştır. BULGULAR: Çalışmamıza 244'ü kadın, 240'ı erkek olmak üzere 484 hasta dahil edilmiştir. Analizi yapılan genlerde 84/484 (%17,35) hastada 67'si farklı olmak üzere toplamda 99 tane patojenik, muhtemel patojenik ve VUS varyant saptanmıştır. Patojenik/muhtemel patojenik varyant allel frekansı 0.013 olarak, VUS varyant allel frekansı 0.088, toplam %10 olarak hesaplanmıştır. Segregasyon amaçlı WES analizi çalışılan 107 hastanın 21'inde (%19.6), çeşitli klinik bulgular sebebi ile WES analizi yapılan 377 hastanın 63'ünde (%16.7) varyant saptanmıştır. Varyant saptanan hastaların %44'ü (37/84) saptanan genotiplerle uyumlu fenotipik bulgulardan en az bir tanesini göstermiştir. En sık taşıyıcılık 1:25 ile SI, en nadir taşıyıcılık 1:968 ile GALE geninde saptanmış olup beklenen hastalık sıklığı 1:2500 ile 1: 3748000 arasında hesaplanmıştır. SONUÇ: Çalışmamızın sonuçları otozomal resesif kalıtılan hastalıklarda heterozigot taşıyıcıların da klinik bulgu sergileyebileceğini göstermiştir. Literatürde konjenital monosakkarit ve disakkarit metabolizma bozuklarına ait taşıyıcılıkların, taşıyıcıların fenotipik etkilerinin ve taşıyıcılık verilerinden tahmini hastalık prevelanslarının hesaplandığı kapsamlı bir sistematik yayın bulunmamaktadır. Çalışmamız bu alanda ulusal sağlık politikalarımızın geliştirilmesinde ve uluslararası literatürde bir öncü olma niteliği taşımaktadır. Anahtar kelimeler: Genotip-fenotip korelasyonu, yenidoğan metabolizma kusurları, taşıyıcılık sıklığı, popülasyon genetiği, nutrigenetik