Investigation of the glycosidase activity and recombinant production of different Bacteroides species
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, BİYOMOLEKÜLER BİLİMLER ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2021
Tezin Dili: İngilizce
Öğrenci: AYŞE BAYRAKTAR
Danışman: Sercan Karav
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Glikozilasyon hücrelerde en sık gözlenen translasyon sonrası modifikasyon çeşitlerinden bir tanesi olup, ökaryotik proteinlerin %50'sinden fazlası glikoprotein yapısındadır. Glikanlar, serbest oligosakkaritler veya bağlı oligosakkaritler (glikokonjugatlar) biçiminde bulunabilirler. Bağlı glikanlar temelde iki alt başlıkta sınıflandırılabilirler. N-bağlı glikanlar (N-glikanlar), çekirdek yapısında bulunan N-asetilglukozamin (GlcNAc) aracılığıyla, polipeptitlerde bulunan Asn-X-Ser/Thr dizisinin asparajin (Asn) yan zincirindeki karboksamit grubuna bağlanırlar. O-bağlı glikanlar ise polipeptitlerde bulunan serin veya treoninnin OH grubuna glikosidik bağ ile bağlıdır. Glikan türlerinin glikoproteinlerin biyolojik fonksiyonlarına ne gibi katkılarda bulunduğu henüz anlaşılamamıştır. Bunun temel nedeni ise günümüzde kullanılan glikosidazların glikanları yeteri düzeyde ve seçicilikte ayıramamalarıdır. Glikobiyoloji alanında kullanılan enzimler aktif oldukları glikan türüne göre iki çeşittir; N-glikosidazlar ve O-glikosidazlar. N-glikanlar genel olarak 3 ana gruba ve O-glikanlar ise 8 gruba ayrılmaktadır. Günümüzde ticari olarak üretilen O-glikosidazlar, sadece 2 grup O-glikan (sınıf 1 ve sınıf 2) üzerinde aktivite göstermektedir. Bacteroideslerin potansiyel glikosidaz sahibi olduğunun araştırılması için bir strateji geliştirilmiştir. Bu yaklaşımın temeli; bakteriler proteinleri sindirebilecek gerekli enzimleri içermemektedir. Bu yüzden proteinleri karbon kaynağı olarak kullanamazlar. Glikoproteinler ise, protein ve glikan ikilisinden oluşmaktadır. Glikoproteinler üzerinde gözlemlenen gelişimin karbon kaynağı bu yüzden glikanlar olacaktır. Glikanların glikoproteinlerden ayrılıp hücre içine alınabilmesi için ise bakterilerin önce glikosidazlar ile bu glikanları kesmeleri gerekmektedir. Bu bağlamda yapılan çalışmalar Bacteroides fragilis ve Bifidobakteri infantis N-glikan içeren laktoferrin, O-glikan içeren müsin ve hem N-glikan hem de O-glikan içeren fetuin glikoproteinleri üzerindeki gelişimleri gözlemlenmiştir. Bacteroides fragilis'in glikoproteinler üzerinde gösterdiği yüksek gelişimin ise genomlarında O- ve N- glikanları kesebilecek enzimlerinin olduğunu hakkında çok büyük ipucu vermektedir.