ÇOMÜ Tıbbi Genetik Tanı Merkezi'nde spinal musküler atrofi ön tanısı veya taşıyıcılığı açısından genotiplendirilen olguların SMN1/SMN2 genlerinin kopya sayılarının retrospektif analizi
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Dahili Tıp Bilimleri, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2020
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: MENEKŞE ÖZTÜRK
Danışman: Fatma Sılan
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:GİRİŞ ve AMAÇ: Spinal müsküler atrofi (SMA), spinal kord ön boynuz hücrelerinin progresif dejenerasyon ve geri dönüşümsüz kaybı sonucu iskelet kası zayıflığı ve atrofisi ile karakterize bir hastalıktır. Genel popülasyonda SMA'nın prevalansı 1/10000 iken taşıyıcılık oranı 1/40-1/60 'tır. SMA'nın etiyolojisinde SMN1 geninde meydana gelen biallelik delesyonlar önemli yer alır. SMN2 geni kopya sayısı ise hastalığın prognozunda önemlidir. Çalışmamızda SMA ön tanısıyla başvuran hastalarda ve sağlıklı kontrollerde hem SMN1 hem SMN2 kopya sayılarının retrospektif analiz edilmesi planlanmıştır. YÖNTEM: Çalışmamıza, 15 Nisan 2019 tarihine kadar Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik polikliniğine "Spinal Musküler Atrofi ön tanısı veya taşıyıcılığı" tanısıyla başvurup SMN1 ve SMN2 gen kopya sayıları MLPA analizi ile değerlendirilmiş olan olgular ile sağlıklı kontroller alınmıştır. Çalışmaya dahil edilen 214 olgunun sosyodemografik, klinik ve laboratuvar bulguları retrospektif olarak incelenmiş ve bu olguların MLPA ham verileri güncel Coffalyser programı ile yeniden analiz edilmiştir. BULGULAR: İki yüz on dört olgunun SMN1 7. ve 8. ekzon kopya sayıları değerlendirildiğinde; olguların 188'inde (%87,8) iki kopya saptanırken, 18'inde (%8,4) bir kopya (heterozigot delesyon), dört olguda (%1,9) 3 kopya ve dört (%1,9) hastada sıfır kopya (homozigot delesyon) saptanmış olup bu hastalar SMA tanısı almıştır. Endikasyona göre izole hipotoni kliniği ile başvuran hastaların %22,2'sinde SMN1 geninde homozigot delesyon saptanmıştır. Sağlıklı kontrol olarak değerlendirilen 144 olgu içinde altı (%4,2) olguda SMN1 geninde heterozigot delesyon saptanmış olup, bu olgular taşıyıcı olarak değerlendirilmiştir. Olguların endikasyonuna bakılmaksızın SMN2 7. ve 8. ekzon kopya sayıları değerlendirildiğinde 135'inde (%63,1) iki kopya; 61'inde (%28,5) bir kopya (heterozigot delesyon), dokuzunda (%4,2) sıfır kopya (homozigot delesyon), sekizinde (%3,7) 3 kopya, bir (%0,5) olguda ise 4 kopya saptanmıştır. SMA Tip I tanısı alan üç hastanın SMN2 kopya sayısı iki olarak saptanırken, SMA Tip III tanısı alan bir hastada SMN2 geni kopya sayısı dört olarak tespit edilmiştir. SMA MLPA, arrayCGH, NGS panelleri ve WES birarada kullanıldığında izole hipotoni kliniği ile gelen hastaların %61,1'i tanı alırken, ek bulguları olan hastaların %26,5'i tanı almıştır SONUÇ VE TARTIŞMA: Çalışmamıza alınan sağlıklı olgular içinde SMA taşıyıcılığı %4,2 olarak saptanmış olup bu oran literatürden oldukça yüksektir. Taşıyıcılık saptanan 6 bireyin 5'i Çanakkale'li olup, küçük bir populasyon içinden evlilikler ve akraba evliliğinin nadir olması nedeniyle taşıyıcılık sıklığı artmış olabilir; bu durumun netleştirilmesi için daha büyük ölçekli çalışmalara ihtiyaç vardır. SMA tanısı alan 4 hastanın SMN2 kopya sayıları ise iki ve üzerinde saptanmış olup bu durum hastalığın prognozu ve tedavi planlanmasında önemlidir. Çalışmamızda SMA taşıyıcılığı diğer populasyonlardan yüksek tespit edilmiş olup; SMA hastalığının mortalitesi ve güncel tedavi maliyetinin yüksek olması ile prenatal, preimplantasyon genetik tanının mümkün olması gözönüne alındığında SMA'nın tarama programlarına dahil edilmesi önem kazanmaktadır. Ayrıca çalışmamızdaki yüksek tanı oranı dikkate alındığında hipotoni kliniği ile gelen hastalara tanı konmasında NGS panelleri, arrayCGH ve WES analizi gibi moleküler yöntemlerin birarada kullanımı gözönünde bulundurulmalıdır.