Çanakkale ili Kabakgil üretim alanlarındaki potyvirüs enfeksiyonlarının belirlenmesi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: MERVE SARI
Danışman: Savaş Korkmaz
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Cucurbitaceae (Kabakgil) familyası 98 cinsten 975 türü kapsamaktadır. Ülkemizde ve özellikle Çanakkale ilinde önemli bir tarımsal paya sahiptir. Kabakgil familyasının en önemli bitki koruma sorunlarından biri viral hastalıklar olup, önemli verim kayıplarına neden olduğu bilinmektedir. Bu viral hastalıklar içinde potyvirus cinsi önemli bir yere sahiptir. Bu cinse ait olan ve uygun koşullarda kabakgillerde %100 verim kayıplarına sebep olan zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) ve watermelon mosaic virus (WMV) yer almaktadır. Çanakkale ilinde daha önce kabakgil üretim alanlarında görülen potyvirus hastalıkları hakkında yapılan literatür taramalarında herhangi bir çalışmaya rastlanmamıştır ve bölgenin bu hastalıklar açısından durumunun ne olduğu bilinmemektedir. Bu bağlamda gerçekleştirilen bu çalışma ile bu açığın kapanması amaçlanmıştır. Bu doğrultuda Çanakkale ili ve ilçelerinden kabakgil üretim alanlarından 2021 üretim yılında virüs ve virüs benzeri simptom gösteren 137 kabakgil bitkisinden örnekler toplanmıştır. Toplanan örnekler RT-PCR ile WMV ve ZYMV'ye spesifik primer çiftleri kullanılarak testlenmiştir. Enfekteli bulunan örnekler içerisinden 7 izolat seçilerek kılıf protein (CP) genleri amplifiye edilerek, sekans analizleri gerçekleştirilmiştir. Elde edilen sekans verileri ile de Çanakkale ili ZYMV ve WMV izolatlarının biyoinformatik analizleri gerçekleştirilerek Türk ve dünya izolatlarının sekans benzerlik oranları ve filogenetik ilişkileri ortaya konulmuştur. Testlemeler sonucunda 78 örnekte WMV, bir örnekte ise ZYMV'ın tekli enfeksiyonları tespit edilmiştir. ZYMV+WMV karışık enfeksiyonu ise 39 örnekte tespit edilmiştir. Bu sonuçla WMV'nin ilimizde oldukça yaygın olduğu görülmüştür. Biyoinformatik analizler sonucunda ise Türk WMV ve ZYMV izolatların kendi içlerinde ve gen bankasında bulunan diğer izolatlar ile %90'dan fazla benzerliğe sahip olduğu belirlenmiştir. İzolatların filogenetik ilişkileri değerlendirildiğinde Türk WMV ve ZYMV izolatlarının birbirleri ile yakın ilişkili olduğu görülmüştür.