Marulu enfekte eden lettuce mosaic vırus izolatının tüm genom dizi analizi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, BİTKİ KORUMA ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2021
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: AYSUN HELVACI
Danışman: Savaş Korkmaz
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Ülkemizde ve dünyada kışlık sebze üretimi yoğun olarak yapılmaktadır. Bu kışlık sebzelerden bir tanesi de marul bitkisidir. Marul birim alandan yüksek getiri potansiyeli ve kış soğuklarına fazla duyarlı olmaması nedeniyle çiftçiler tarafından cazip bir bitki olarak görülmektedir. Marul tarımında ekonomik olarak kayba neden olan viral etmenlerin başında marul mozaik virüsü (lettuce mosaic virus; LMV) gelmektedir. LMV, ülkemizde bu güne kadar gerçekleştirilen çalışmalar sonucu farklı üretim bölgelerinde tespit edilmiştir. Fakat LMV enfeksiyonu ülkemizin hemen hemen her bölgesinden bildirilmesine rağmen, izolatların tüm genom sekans dizilerinin belirlenmesine yönelik herhangi bir çalışma gerçekleştirilmemiştir. Bu çalışmada LMV tüm genom dizilimlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışma kapsamında daha önceden Çanakkale, Balıkesir, Bursa illerinden toplanmış ve LMV ile enfekteli olduğu tespit edilmiş marul bitkilerinden elde edilen izolatlar kullanılmıştır. Seçilen 3 örneğe total nükleik asit izolasyonu yapılarak, izolatların NIb+CP genlerinin kısmi dizilemesi yapılmıştır. Gerçekleştirilen bu analizleri takiben, dizilemesi yapılan izolatların nükleotit ve amino asit düzeyinde dünya izolatları ile göstermiş oldukları benzerlik ve filogenetik ilişkilerine göre tüm genom dizi analizleri için bir izolat seçilmiştir. Son aşamada ise seçilen izolatın tüm genomunun belirlenmesi amacı ile gerekli analizler yapılarak, marulu enfekte eden LMV izolatının dünyadaki diğer LMV izolatları ile göstermiş olduğu sekans benzerlikleri ve farklılıklarının yanında filogenetik ilişkileri de ortaya çıkarılmıştır. Çalışmalar sonucunda tüm genom dizileri belirlenen izolatın, dünya LMV izolatları ile yapılan karşılaştırmasında izolatların amino asit düzeyinde %92-99, nükleotit düzeyinde ise %82-98 oranında benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. Filogenetik analizler sonucunda ise genel olarak Fransız ve Asya orijinli izolatlar ile yakın ilişkili olarak bulunmuştur. Gerçekleştirilen bu çalışma ile ülkemizde ilk kez bir LMV izolatının tüm genoma dayalı biyoinformatik analizleri belirlenmiştir.