Turunçgil klorotik cüceleşme ile ilişkili virüs (Citrus chlorotic Dwarf associated virus; CCDaV)'ün etiolojisi ve moleküler karakterizasyonu

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, BİTKİ KORUMA ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2019

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: ALİ KARANFİL

Danışman: Savaş Korkmaz

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Citrus chlorotic dwarf associated virus (CCDaV) ülkemizde 1980'li yılların sonlarında ortaya çıkmıştır. Virüsün ülkemizdeki varlığı sadece Doğu Akdeniz Bölgesi'nde (DAB) bildirilmiş, diğer önemli turunçgil üretim bölgelerindeki varlığına yönelik herhangi bir çalışma yapılmamıştır. Bu amaçla etmenin diğer üretim bölgelerinde varlığını belirlemek için bir sörvey çalışması ve aynı zamanda CCDaV'nin populasyon yapılarının moleküler özelliklerinin belirlenmesi için DAB'ta bir arazi çalışması yürütülmüştür. Sörvey çalışması kapsamında turunçgil üretim bölgelerinde ticari, rekreasyon, ev, otel vb. gibi bahçelere tesadüfi arazi çıkışları düzenlenmiş, bitkiler görsel olarak incelenmiş, CCDaV benzeri belirti gösteren bitkilerden toplam 143 örnek toplanmıştır. DAB üretim alanlarında ise daha önceden CCDaV ile enfekteli olduğu bilinen ve tesadüfi olarak girilen bahçelerden toplam 42 örnek toplanmıştır. Toplanan tüm örnekler PCR ile testlenmiştir. PCR çalışmaları sonucu 143 örnekten 2'si, DAB'ta ise 42 örnekten 41'i CCDaV ile enfekteli olarak bulunmuştur. Yapılan çalışmalar sonucunda Antalya ilinde bir otel bahçesinde ve İzmir ilinde bir fidanlıkta ilk kez DAB dışında CCDaV enfeksiyonu tespit edilmiştir. Ancak ticari olarak turunçgil yetiştiriciliği yapılan alanlarda ise CCDaV enfeksiyonu tespit edilmemiştir. PCR ile enfekteli bulunan CCDaV izolatları arasından toplandığı bölgeler ve çeşitler göz önünde bulundurularak seçilen toplam 6 izolatın tüm genom bölgesinin, 25 izolatın ise CP (Coat protein) geni bölgesinin moleküler karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. CCDaV izolatlarının tüm genom ve sahip olduğu gen bölgelerine göre birbirleri ve dünya izolatları ile nükleotit (nt) ve amioasit (aa) düzeyinde %96-100 oranında benzerlikler gösterdiği belirlenmiştir. Filogenetik analizlerde Türk ve Çin izolatlarının coğrafik orijine göre birbirlerinden ayrıldığı görülmüştür. CCDaV izolatların CP genine göre kendi içlerinde ve dünya izolatları ile hem nt hem de aa düzeyinde gerçekleştirilen çoklu dizi analizleri sonucunda birbirleri ve dünya izolatları ile genel olarak %98'in üzerinde benzerlikler gösterdiği belirlenmiştir. Filogenetik analizler sonucunda ise CCDaV izolatlarının elde edildikleri konukçu türlerine göre bir ilişki göstermediği fakat coğrafik orijin olarak Türk ve Çin izolatlarının birbirinden ayrıldığı görülmüştür. Ayrıca gerçekleştirilen bu çalışma kapsamında CCDaV'nin farklı bitki dokularındaki (yaprak, çiçek, meyve) varlığı ve mevsimsel olarak konsantrasyonun belirlenmesi amaçlanmıştır. Dört mevsim boyunca CCDaV ile enfekteli olduğu tespit edilen bir limon ağacından mevsim ortalarında farklı doku ve farklı yönlerden örnekler alınarak etmenin varlığı ve konsantrasyonu real-time PCR (qPCR) ile araştırılmıştır. Gerçekleştirilen qPCR çalışmaları sonucunda; CCDaV'nin varlığı yaprak, çiçek ve meyvede tespit edilmiştir. Ayrıca, CCDaV'nin farklı mevsim ve yönlerdeki konsantrasyon değişimleri arasında ilkbahar aylarında batı yönünden gerçekleştirilen örneklemelerdeki konsantrasyon seviyesinin en yüksek düzeyde olduğu görülmüştür. Bununla birlikte rutin CCDaV sörveyinin yılın herhangi bir zamanında yaprak örneklerinden yapılabileceği belirlenmiştir.