Çanakkale ili ıspanak üretim alanlarında Pancar nekrotik sarı damar virüsü (Beet necrotic yellow vein virus; BNYVV)'nün tespiti ve moleküler karakterizasyonu

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, BİTKİ KORUMA ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2019

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: ZEYNEP BAĞLAN

Danışman: Savaş Korkmaz

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Ispanak önemli bir kışlık sebze olup ülkemizin her bölgesinde üretimi yapılmaktadır. Ispanak üretiminde verim ve kaliteyi etkileyen birçok hastalık etmeni vardır ve bunlar içerisinden virüsler önemli bir yer tutmaktadır. Bu virüs hastalıklarından bir tanesi "Rhizomonia" olarakta adlandırılan pancar nekrotik sarı damar virüsü (beet necrotic yellow vein virus; BNYVV)'dür. BNYVV'nin ülkemizde ıspanak bitkisinde varlığı serolojik yöntemlerle belirlenmiş ancak moleküler düzeyde bir çalışma yapılmamıştır. Bu amaçla Çanakkale'de il ve ilçe düzeyinde ıspanak yetiştiriciliği yapılan alanlara BNYVV'nin varlığını belirlemek ve tanısını yapmak amacı ile 2017-2018 üretim yılında bir arazi çalışması gerçekleştirilmiştir. Bu arazi çalışması kapsamında tipik virüs simptomları gösteren ıspanak bitkilerinden 66 örnek alınmıştır. Alınan örneklerdeki BNYVV varlığı virüs proteinine dayalı bir yöntem olan DAS-ELISA testi ile belirlenmiştir. DAS-ELISA testi sonuçlarına göre 66 örneğin 12'si BNYVV ile enfekteli olarak bulunmuştur. Enfekteli bulunan örnekler içerisinden bir tanesi seçilerek (CNK-Spinach-39) örtü protein geni (coat protein; CP) RT-PCR ile çoğaltılmıştır. CP geni çoğaltılan izolatın RT-PCR ürünleri saflaştırılmış ve nükleotid dizileri belirlenmiştir. Elde edilen nükleotit (nt) dizileri kullanılarak seçilen izolata ait CP geninin amino asit (aa) dizileri çıkarılmıştır. Bu nükleotid ve amio asit dizileri dünya BNYVV izolatlarının CP genlerinin nükleotid ve aminoasit dizileri ile karşılaştırılarak, göstermiş oldukları benzerlik oranları ve filogenetik ilişkileri saptanmıştır. Gerçekleştirilen çoklu nt ve aa temelli dizi karşılaştırmaları sonucunda CNK-Spinach-39 izolatının dünya izolatları ile %95-99 oranında benzerlikler gösterdiği belirlenmiştir. Gerçekleştirilen filogenetik analizler sonucunda ise CNK-Spinach-39 izolatının B patotipinde yer aldığı tespit edilmiştir. Bu çalışma ile ülkemizde ıspanakta ilk defa BNYVV'nin B patotipi bulunmuştur.