APOMİKT VE SEKSÜEL BOECHERA TÜRLERİNDE DNA METİLTRANSFERAZ GENLERİNİN MOLEKÜLER KARAKTERİZASYONU

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2014

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: Şebnem GÜNEŞ

Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): KEMAL MELİH TAŞKIN

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Bu çalışmada; epigenetik süreçlerle düzenlenen DNA metilasyonunun, Boechera türlerinde tohum gelişimi üzerindeki etkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Boechera türlerinde DNA metiltransferaz genleri literatürde bulunmadığı için, yakın akrabası Arabidopsis thaliana L. türüne ait genler seçilmiştir. DNA metiltransferaz genlerinin genomik dizileri, veritabanlarından FASTA formatında elde edilmiş ve bu genlerin seksüel ve apomikt Boechera türlerindeki varlıkları SRA veritabanında ilk kez biyoinformatik yöntemler kullanılarak ortaya çıkarılmıştır. Bu yöntemle apomikt ve seksüel Boechera türlerinde uzunlukları 3555 ile 6010 bç arasında değişen 3 adet gen tespit edilmiştir. Genlerin yapısı biyoinformatik araçlar kullanılarak diğer türlerde bilinen benzerleri ile karşılaştırılarak incelenmiştir. Çalışmada Boechera genom ve transkript dizileri kullanılarak MET1, CMT3 ve DRM2 genleri için uygun primerler seçilmiştir. Bu primerler sayesinde diploid apomikt Boechera divaricarpa türünde tozlaşma öncesi anter, pistil dokularında ve tozlaşma sonrası bakla dokularının farklı gelişim aşamalarında, genlerin anlatımları semikantitatif RT-PCR yöntemiyle incelenmiştir. Çalışmada, MET1, CMT3 ve DRM2 genlerinin tozlaşma öncesi anter, pistil ve tozlaşma sonrası bakla dokularında anlatıma uğradığı belirlenmiştir.